Urodził się 25 lipca 1934 r. w Warszawie. Gdy miał osiemnaście lat, wstąpił do Zgromadzenia Księży Marianów. Po kilku latach otrzymał święcenia kapłańskie. Studiował filozofię na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. Pracował z młodzieżą – był katechetą młodzieży licealnej w Grudziądzu, współpracował z duszpasterstwem akademickim KUL. W 1964 r. na zaproszenie biskupa Karola Wojtyły podjął pracę w Krakowie jako redaktor „Tygodnika Powszechnego”. Prowadził duszpasterstwo akademickie u św. Anny w Krakowie. Na dwa lata wyjechał do Francji, gdzie studiował w Instytucie Katolickim w Paryżu i poznawał małe wspólnoty. Z Francji pisał do „Tygodnika Powszechnego” felietony o nowym obliczu Kościoła.
Po powrocie nadal pracował jako redaktor „Tygodnika Powszechnego” i duszpasterz akademicki. W roku 1979 na życzenie Jana Pawła II wyjechał do Rzymu. Tam przygotowywał polskie wydanie dziennika „L’Osservatore Romano”, a później został jego redaktorem naczelnym. Nie przerwał jednak współpracy z „Tygodnikiem Powszechnym” – był jego rzymskim korespondentem. Towarzyszył Janowi Pawłowi II w licznych podróżach. W 1991 r., po upadku komunizmu, ks. Boniecki wrócił do redakcji „Tygodnika Powszechnego”. W 1993 r. został wybrany na generała Zgromadzenia Księży Marianów.
Od 1999 do 2011 r. ks. Adam Boniecki pełnił funkcję redaktora naczelnego „Tygodnika Powszechnego”. Mimo przejścia na emeryturę w 2011 r. jest wciąż czynny i aktywny publicznie. Jako Redaktor Senior publikuje regularnie w „Tygodniku Powszechnym”. Od listopada 2011, kiedy prowincjał Zgromadzenia Księży Marianów nałożył na ks. Adama Bonieckiego nakaz milczenia, jest to jedyne medium, dla którego może się wypowiadać.
Ks. Adam Boniecki wygłaszał ponadto wykłady, brał udział w debatach, spotkaniach autorskich i konferencjach. Ks. Adam Boniecki zawsze był i czuł się dziennikarzem. Reprezentuje dziennikarstwo religijne, wyznaniowe i jednocześnie duchowe. Podobnie jak Jan Paweł II, doceniał znaczenie społecznych środków przekazu w ewangelizacji. Osoba i myśl Jana Pawła II była i jest mu bardzo bliska. Poświęcił Ojcu Świętemu kilka publikacji, m.in. „Kalendarium życia Karola Wojtyły” czy „Zrozumieć papieża. Rozmowy o Janie Pawle II”. Spektrum zainteresowań ks. Adama Bonieckiego jest wielopłaszczyznowe, a dorobek ogromny pod względem jakościowym i ilościowym. Jest publicystą wszechstronnym, piszącym m.in. nagradzane książki, reportaże z podróży, felietony, wspomnienia, kalendaria, a spośród gatunków religijnych – przede wszystkim medytacje i kazania.